国内線
東京(羽田)・名古屋(中部)・大阪(関西)・福岡・沖縄(那覇)・宮古・与那国・多良間・波照間
国際線
香港・台北(桃園)

空港会社
全日空(ANA)・日本航空(JAL)・日本トランスオーシャン航空(JTA)・Peach(APJ)
ソラシドエア(SNJ)・琉球エアーコミューター(RAC)・ハワイアン航空(HAL)・第一航空(DAK)
香港エクスプレス(HKE)・チャイナエアライン(CAL)

• 国内線:
  • 北海道・東北: 札幌、仙台
  • 関東・中部・近畿: 東京（羽田、成田）、茨城、新潟、小松、静岡、名古屋、大阪（関西、伊丹）、神戸
  • 中国・四国・九州: 岩国、沖永良部、広島、岡山、松山、高松、福岡、長崎、熊本、宮崎、鹿児島、奄美、与論
  • 沖縄: 石垣、宮古、下地島、久米島、北大東、南大東、与那国
• 国際線:
  • 韓国: ソウル、釜山
  • 中国: 北京、天津、青島、南京、上海、杭州、重慶
  • 台湾: 台北、台中、高雄
  • 香港: 香港
  • シンガポール: シンガポール
  • マレーシア: クアラルンプール
  • タイ: バンコク

離島定期航路
八重山観光フェリー(YKF)

・竹富島・小浜島・黒島・西表大原・鳩間島